Как перейти с ispmanager 5 на ispmanager 6?

Убедитесь, что ваша ОС поддерживает ispmanager 6. Подробнее в документации.

Если ОС поддерживается, вы можете обновить ispmanager 5 до ispmanager 6. Перейдите в раздел Настройки → Настройки системы в ispmanager и проверьте, включено ли авто обновление:

• если авто обновление выключено, вручную обновите панель до последний версии. Если версия ispmanager ниже, чем 5.295, обновление нужно выполнить дважды: сначала до последней версии ispmanager 5, а затем до ispmanager 6.
• если авто обновление включено, сервер обновит лицензию автоматически в течение суток.

Обновить панель вы можете по инструкции.

Если ОС не поддерживается, необходимо выполнить миграцию панели ispmanager на новый сервер с актуальной ОС. Для этого:

1. Установите панель на новый сервер.
2. Активируйте триальную лицензию.
3. Импортируйте данные пользователей со старого сервера на новый.
4. Привяжите лицензию на панель управления к новому серверу. 

Подробная инструкция о миграции в документации.