День добрый.

Не плохо было бы сделать увеличение лимитов nginx при увеличении лимит ожидания от PHP. Например, если в PHP время выполнения ставиться 600, то в конфигурации этот лимит увеличивается до:

proxy_connect_timeout 600;
proxy_send_timeout 600;
proxy_read_timeout 600;
send_timeout 600;

Даже можно было бы с запасом 600+5, чтобы успеть увидеть ошибку PHP в случаи чего. А если PHP версия много разных используется, то брать максимальный из всех.