Нашел тут еще недоработку. 

1. Клиент создает новый почтовый ящик
2. Клиент настраивает почтовый клиент, например thunderbird. У в списке папок у него только 2 папки, Входящие и Удаленные. 
   То есть нет полного набора папок, они создаются только после того как клиент войдет в почтовый ящик через браузер.

Приходится объяснять кленту что если ящик новый, то нужно обязательно первый раз войти в Roundcube. А потому уже настраивать почтового клиента.