Сделайте пожалуйста свои собственные DNS-сервера к которым давайте доступ из ISP Manager, можно, как за платную дополнительную услугу. 

Это позволит сделать при создании сайтов кнопку/галочку - делегировать DNS сервера на сервера ISP, что позволит автоматически все текущие пользовательские настройки DNS выгружать на свои же (ваши же) DNS сервера, автоматически при продлении Let's Encrypt добавлять нужные записи на свои/ваши сервера, чтобы не заставлять клиентов делать это руками, если DNS расположены на сторонних серверах.

Условно, все, что я на своем сервере делаю в качестве записей DNS, автоматом выгружается на Ваши первичный и вторичный DNS.

В результате, чем платить за DNS хостинг кому-то я бы платил ISP, как плату за удобство. 

То, как это сделано сейчас, когда панель сама же предлагается как первичный DNS сервер, не совсем удобно, тк нужно заморочится 2-ым IP, ресурсами самого сервера и тп.