Я бы даже был согласен, чтобы была возможность добавить директорию внутреннюю к текущему адресу. В той же FastPanel уже реализовано такое действие, вполне удобно и рабочий вариант.

Допустим есть проект на WP, все файлы в корне, всё ок.

Потом переезжаем на laravel, а там уже нужен корень /public/, чтобы всё корректно работало и приходится пересоздавать домен, чтобы нормально работать.

Здраствуйте, 

Расскажите, как по вашему должна выглядеть смена директории. Когда в ispmanager указываем новую директорию, то просто перенаправляем веб-сервера на новое место? Или в том числе файлы из старого места в новое перекладываем?

Вот так это выглядит в фастпанели.

Файлы лучше не трогать, как по мне, достаточно указать новый путь для веб-сервера и всё.

да, просто перенаправить сервер в другой каталог, ничего копировать никуда не надо.

реализовать можно по-разному, можно как в FastPanel, можно как Hetzner KonsoleH - отдельный раздел конфигурация web -сервера, в котором можно выбрать в открывшемся дереве каталогов папку + кнопка change documents root

В ISP, я бы видел это в "Настройках сайта", в разделе "Дополнительные настройки", под окошком "индексная страница", подобным же образом реализованное окошко "корневая директория сайта", где по дефолту, то, как изначально устанавливается в системе, но есть возможность указать свою директорию, даже, например, ограничено, пусть относительно www.

Столкнулся с тем, что переносил проект на Typo3, там системные файлы расположены вне корневого каталога сайта, распаковал архив и вместо того, чтобы просто изменить ссылку на корень, пришлось все, что нужно вынести из корня сайта на уровень выше, в файловом менеджере переносить во вне заданного по дефолту каталога, и нарушить красоту в директории с сайтами )))

и это удобно, когда 2 ветки есть у сайта стабильная + разработка - обе можно все держать на сервере в разных каталогах и при необходимости просто менять ссылку на корень сайта, а не удалить и копировать 

на мой взгляд сделать не сложно

.