Требуется создание папок под почтовые домены.

На один почтовый домен 100 почт, на другой также, и так далее.

Всё это сливается и проблемно искать нужный домен с нужной почтой.

Добавьте раскидывание Почт по Папкам (отдельная папка = 1 почтовый домен), заходишь в папку домена и там в ней все почты для этого домена расположены.