Сколько оперативной памяти на сервере? Дискового пространства свободного достаточно?

5гб озу, 50гб ссд, сервер чистый, всё свободно

Удалось установить без изменения конфигурации , т.е. список ПО был по умолчанию в панеле - апатч, нжикс, логи и т.д, а затем уже изменил конфигурацию на нужную мне, и всё запустилось. Не уверен на сколько это корректно.. Баг получается?

Если чётко воспроизводится, то да, возможно баг. Если есть подозрения на это, то лучше в техподдержку зарепортить.