Надеюсь, вы все настраивали в соответствии с документацией о резервном копировании, в частности, настроили освобождение места в хранилище, задав Общий объем в настройках модуля резервного копирования. После применения настроек старые версии бэкапов будут удаляться до тех пор, пока общий размер не будет соответствовать установленному значению параметра.

Если при этом вы видите, что старые копии все равно не удаляются, нужно исследовать логи бэкапа на предмет возможных ошибок. Если и это не даст результата, то тогда, стоит попросить помощи у нашей техподдержки, написав на help@ispmanager.com